فرماندهان نظامی در عملکردشان با زیردستان با پاره ای از مسائل جاری نظامیان روبه رو می شوند که عرف اخلاقی نظامیان آنها را پذیرفته، ولی با آموزه های اخلاقی اسلامی تزاحم دارند یا برعکس، ازاین رو فرماندهان نظامی مسلمان دچار تردید اخلاقی در برخی مسائل می شوند، مسائلی، چون تنبیه های همگانی مجرمان و غیرمجرمان، رفتار اطلاعاتی با دوستان صمیمی که می تواند منافقانه باشد. هدف از این پژوهش نیز یاری رساندن فرماندهان برای تصمیم گیری درست در این مسائل با محوریت دیدگاه های امام علی (ع) در نهج البلاغه است. این مقاله با رویکردی تحلیلی ـ توصیفی به آرای امام علی (ع) درباره برخی از مسائل اخلاقی چالش برانگیز نظامیان می پردازد. حاصل این پژوهش، اصولی است که در رفتار فرماندهی با کادر و افراد تحت امر خود به کار می آیند که عبارت اند از: 1. خدا و عدالت محوری در برخورد با نیروها؛ 2. اولویت مصالح امنیتی و دفاعی اسلام بر مصالح دیگری، چون مصالح فردی و خانوادگی.